Trường THCS Mỹ An Hưng A toạ lạc tại ấp An Ninh, x Mỹ An Hưng A, cạnh tỉnh lộ 848 giáp ranh với huyện Chợ Mới tỉnh An Giang, thuận lợi về đường bộ, với tổng diện tích 6.563,6 m2.
Trước năm 2000 do việc phân chia địa giới hành chính, học sinh sau khi hoàn thành chương trình tiểu học phải chuyển xuống trường THCS Mỹ An Hưng B để vào THCS nên các em gặp rất nhiều khó khăn trong việc đi lại nên đa số các em sau đó đã bỏ học làm ảnh hưởng đến việc đào tạo nguồn nhân lực của địa phương và công tác PCGD THCS.
Năm học 2000-2001 được sự cho phép của Phòng GD&ĐT trường tiểu học Mỹ An Hưng A mở các lớp nhô sau tiểu học.
Đến năm học 2003-2004 được sự cho phép của UBND huyện Lấp Vò quyết định thành lập trường THCS Mỹ An Hưng A với tổng số 21 GV.
Tuy nhiên cơ sở vật chất còn sử dụng chung với trường tiểu học Mỹ An Hưng A mọi hoạt động giảng dạy chỉ có 4 phòng học thuộc dãy trệt của trường tiểu học Mỹ An Hưng A.
Đến đầu năm học 2006-2007 được sự đầu tư của UBND huyện, trường THCS Mỹ An Hưng A được chuyển về cơ sở mới với tổng số 16 phòng học nhưng không có nhà vệ sinh, không có đường đi,… Sân bãi của trường lúc này còn trũng thấp nước ngập thường xuyên, rất nhiều hầm hố và khu mộ chưa được sang lấp, còn 03 hộ dân chưa được di chuyển ra khỏi khu vực, trường chưa có hàng rào và bảng tên trường. Đến năm học 2004-2005 chính quyền địa phương đã hỗ trợ giúp đỡ di dời 03 hộ dân và các ngôi mộ còn lại, dựng tạm bảng tên trường và đấp một con đường tạm vào trường.
Năm 2018 đến nay, CSVC của nhà trường khá khang trang và đầy đủ với 24 phòng (trong đó có 08 phòng học, 01 phòng Hiệu trưởng, 01 phòng phó hiệu trưởng, 01 phòng làm văn phòng, 01 phòng tin học, 01 thiết bị, 01 phòng thư viện, 01 phòng giáo viên, 01 phòng làm hội trường, 01 phòng đoàn thể, 01 phòng chi bộ, 01 phòng truyền thống, 01 phòng tư vấn, 01 phòng y tế, 01 phòng kho, 02 phòng thực hành (Sinh- Hóa, Lý, Công nghệ), kho Sinh – Hóa, kho Lý- Công nghệ, có sân chơi đủ để cho học sinh học tập và tập luyện thể dục thể thao.